mercredi 2 septembre 2015

Test apparié par permutation pour R

Voici un petit script pour effectuer des tests de permutations pour données appariées sous R (il n'y a pas de plugins à ma connaissance permettant de réaliser ce type de test).


Commencer par jeter un oeil à l'article sur les tests de permutation non appariés en premier !


test=rnorm(10,5,5)
cont=rnorm(10,4,3)

d=test-cont

qqnorm(d) #voir les données
shapiro.test(d) #voir les données

B = 99999 #nombre de permutations

m0 = mean(d) #moyenne

rndmdist = replicate(B,mean((rbinom(length(d),1,.5)*2-1)*d)) #randomisation

sum(abs(rndmdist) > abs(m0))/length(rndmdist) #p-value

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