Voici un petit script pour effectuer des tests de permutations pour données appariées sous R (il n'y a pas de plugins à ma connaissance permettant de réaliser ce type de test).
Commencer par jeter un oeil à l'article sur les tests de permutation non appariés en premier !
test=rnorm(10,5,5)
cont=rnorm(10,4,3)
d=test-cont
qqnorm(d) #voir les données
shapiro.test(d) #voir les données
B = 99999 #nombre de permutations
m0 = mean(d) #moyenne
rndmdist = replicate(B,mean((rbinom(length(d),1,.5)*2-1)*d)) #randomisation
sum(abs(rndmdist) > abs(m0))/length(rndmdist) #p-value
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